肾小管上皮细胞主要是由肾小管浅层立方上皮或者是移行上皮细胞变性脱落而来，如果尿液检查中，肾小管上皮细胞增高，通常提示肾小管一些病变。移行上皮细胞来自肾盂、输尿管、膀胱以及大部分的尿道，如果在尿液检查中出现较多的移行上皮细胞，提示肾盂、输尿管、膀胱、尿道存在着炎性、坏死性的病变。
尿液检查中的上皮细胞指的是从肾脏到尿道外口整个泌尿系统中脱落的细胞，其中尿液检查中非鳞状上皮细胞指的是肾小管上皮细胞和移行上皮细胞。不同类型状的上皮细胞，临床意义不同。