造成女童小便时疼的原因，主要包括以下几种情况：1、由于儿童患有尿路感染引起的症状。女童的尿道是比较短，会由于上行性感染引起尿路感染，出现尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，有些儿童甚至还会出现发热，可以给儿童及时的应用头孢菌素抗感染治疗。2、由于儿童患有泌尿道结石引起的症状。儿童患有尿道结石以后也会引起小便时的疼痛，儿童还会有血尿，可以及时的做泌尿道B超确诊，可以进行碎石、排石等治疗。