单一的抗菌药物可以有效治疗感染不需要联合用药，联合用药的指征包括以下几种：
第一、病原菌没有查明，感染非常严重，尤其是免疫缺陷症患者所患的严重感染可以联合使用抗菌药物。
第二、抗菌谱比较广，包括需氧菌及厌氧菌混合感染、两种或两种以上的复数菌感染以及多重耐药菌感染和广泛耐药菌的感染的时候，单一的抗菌药物不能有效控制感染，需要联合用药。
第三、需要长疗程治疗，但是病原菌容易对某种抗菌药物产生耐药性感染，比如某些侵袭性真菌病或者病原菌含有不同生长特点的菌群，需要应用不同抗菌机制的药物联合使用，比如结核和非结核分枝杆菌就需要联合用药。
第四、为了减少毒性比较大的抗菌药物毒性反应联合用药，毒性比较大的抗菌药物可以适当减少用量，但是也要证明是有效的减少用量。