男性阴部囊肿需要进一步检查，明确其大小、位置、病因等，来进一步决定如何治疗。第一、如果是会阴区皮肤囊肿，体积较小者则可外用百多邦软膏进行局部外涂，或者口服抗生素头孢克肟胶囊一粒，每日两次，连续使用一周，来观察局部的囊肿是否消退。第二、如果是阴囊内的囊肿，体积较小者建议定期观察，体积较大引起局部疼痛，可以考虑进行局部的手术切除，一般为鞘膜积液。第三、如果是会阴区域肛周局部囊肿，则需要进行肛门指检来明确是否存在有肛瘘，确诊肛瘘以后，需要到肛肠科进行肛漏的切除手术治疗。还需要进一步的明确患者有无糖尿病，如有糖尿病，则可能存在有肛周的脓肿，需要进一步进行肛周的核磁共振检查，确定脓肿的方向及脓肿的数目等，在半身麻醉的状态下进行脓肿清除手术处理。