卵巢囊肿恶性和良性的区别，一般考虑以下几个方面：
一、病史不同：良性肿瘤病程长，生长缓慢，而恶性肿瘤病程短，迅速增大。
二、包块的部位以及性质不同：良性肿瘤单侧居多，囊性光滑，可以活动；恶性肿瘤双侧多，实性或者囊实性，不规则，一般固定，后穹窿实性包块或者结节等。
三、腹水征不同：阳性肿瘤腹水征阴性，而恶性肿瘤通常有腹水可能会查到恶性细胞。
四、表现不同：良性肿瘤患者一般情况良好，而恶性肿瘤通常可以伴有消瘦、恶病质等情况。超声检查良性肿瘤可以看到肿瘤的性质比较良好，为液性暗区，边界清晰，有间隔的光带，而恶性肿瘤液性暗区内有杂乱的光团、光点，界限不清，血流信号丰富。
此外，肿瘤标志物CA12-5，良性肿瘤患者通常小于35U/mL，而恶性肿瘤的患者通常大于35U/mL。因50岁以下患者常有盆腔炎，子宫内膜异位症等，可以使CA12-5升高，所以参考价值不是特别大。而大于50岁以上的患者，如果卵巢包块伴有CA12-5升高，则恶性的可能性比较大，具有明显的鉴别诊断意义。