脑血栓的发病原因非常多样化，分为先天性和后天性。在先天性的因素中，有一些病人存在着发育异常和脑血管畸形。临床中最常见的还是后天性的因素，病人可能存在高血压、糖尿病、高脂血症，出现脑血管的动脉硬化。包括冠心病、心律失常、房颤、卵圆孔未闭，出现这种血栓栓子事件，还有羊水栓塞、脂肪栓塞，也可以出现区域性的脑血管病。还有感染性因素所导致的自身免疫性的血管炎症，这些都可以影响脑细胞的供血，出现相应脑组织区域坏死、软化，出现脑梗死。