克罗恩病的诊断要分三个层次：第一、是患者有腹痛、腹内包块，部位是在回盲部，是在高位结肠的时候，这时候要高度怀疑是这种疾病，这是疑似诊断。这时候要对患者进行肠镜检查，有可能会发现在他的回盲部有糜烂、溃疡或者是一些炎症的表现，这是疑似诊断。第二、要确诊的话，要通过病理检查，在病理方面要找到一个典型的特征，也就是肉芽肿。肉芽肿会有两种情况，一种是非干酪样肉芽肿，还有一种是干酪样肉芽肿。如果检测到有非干酪样肉芽肿，这就是克罗恩病。如果是干酪样肉芽肿，就是肠结核。因此在病理方面一定要仔细的区分，在临床克罗恩病和肠结核经常是难以区分的。第三、临床上有时候确实找不到肉芽肿，是不是就不能够确诊克罗恩病，答案也是否定的。在诊断克罗恩病的时候，比如有五项症状，在临床能够找到符合克罗恩病诊断的三项症状，也可以诊断。因此只要能够符合这样的诊断标准，也可以按照克罗恩病的用药继续治疗。总体来讲，还是要在病理下找到符合克罗恩病的特征才能够确诊。