亚急性甲状腺炎如果能够明确诊断、积极治疗，并不会十分严重。但是有部分亚急性甲状腺炎，由于在诊断的时候存在困难，所以有些患者的病情比较严重。
在临床当中有些亚急性甲状腺炎会出现数月的高热情况，这些会影响到患者的基本体质，亚急性甲状腺炎是由于机体存在病毒感染以后，抵抗力下降导致的甲状腺的亚急性炎症改变。如果进行甲状腺激素测定，会发现甲状腺激素水平明显升高，再进行甲状腺摄碘率测定时却表现为明显降低，也就是会表现为典型的分离现象，这个分离现象对于亚急性甲状腺炎的诊断非常有帮助。一旦诊断成立可以使用非甾体抗炎药物，或者症状严重时选择糖皮质激素的药物，通常对亚急性甲状腺炎的治疗和症状控制非常有效。