第五、第六脑室形成是一种先天发育的变异，一般没有临床意义。
第五脑室的形成是由于胚胎晚期两层透明隔之间存在大小各异的间隙，又称透明隔腔。因为腔隙内没有室管膜，因此不属于脑室系统，一般在婴儿期透明隔腔开始退化，仍有15%的人透明隔腔存在于成年人，属于正常变异称为第五脑室。
第六脑室是位于中线，因无室管膜，也不属于真正的脑室系统，不与脑室相通，常常与第五脑室相通。第六脑室是第五脑室向后延伸的腔隙，一般可以常常与第五脑室并存，也没有临床意义，属于正常的变异现象。