肛门冲洗器在使用的时候，可以采取下面的方法进行清洗：
第一、在清洗之前需要先用清水进行肛门部位的清洗。
第二、在清洗的时候需要采取半卧的体位或者截石位。
第三、需要戴上一次性手套，可以在肛门部位涂抹润滑剂，这样可以避免肛门部位的皮肤黏膜受伤害。
第四、在清洗的时候需要将冲洗器插进肛门之内，而且不能够插入过深，一般在2cm左右就可以，再轻柔的挤压冲洗器，使得冲洗液流出，使药物作用于肛肠里面。
需要注意的是，整个清洗过程不能用力过猛，而且由于肛门清洗器是属于个人卫生用品，不可与多人交替使用，这就是肛门冲洗器的清洗方法。