消除血栓的方法包括静脉溶栓、动脉取栓以及抗血小板、抗凝药物治疗，静脉溶栓适用于血栓形成时间在4.5小时以内的病人，能够使30%的血栓溶解，恢复正常的血流，常用的静脉溶栓药物包括阿替普酶和尿激酶。
动脉取栓是微创手术，适用于血栓形成时间在24小时以内的病人，对于大脑前循环血栓的治疗有效率在70%以上，是一种非常重要的消除血栓的办法。对于血栓形成时间较长的病人，可以选择抗血小板药或抗凝药物。
抗血小板药适用于非心源性血栓形成，常用的药物包括阿司匹林、硫酸氢氯吡格雷和西洛他唑。抗凝药物适用于心源性血栓形成的病人，常用的药物包括华法林、利伐沙班和达比加群酯。