宝宝疱疹引起发烧时，病原菌可以是细菌、病毒，也可以是支原体，常见的手足口病引起的疱疹都是因肠道病毒感染所引起的。如果是疱疹性咽颊炎，大多是因细菌或支原体感染所引起。这种情况要进行血液的相关检查，可以明确是细菌、病毒还是支原体，根据实际的检验结果给予对症用药就可以。如是病毒感染所引起的疱疹，需要应用抗病毒药物，如利巴韦林颗粒或者抗病毒口服液都可以。如果是细菌感染引起，可给予应用头孢或者青霉素类的抗生素进行治疗。如是支原体感染所引起，可以应用大环内酯类抗生素，如阿奇霉素或者红霉素等药物对症治疗就可以。