出现半夜咳嗽，原因很多，主要常见的原因是呼吸道的疾病。其由于受到炎症的刺激，气道内出现充血、水肿的炎症反应，可以有病毒、细菌、支原体、衣原体等病原体入侵引发，也可以因为吸入冷空气、灰尘等刺激性的过敏原而引起。
人在半夜时是平躺睡觉的状态，这个时候呼吸道内过多的分泌物会反流到咽喉部，刺激引起咳嗽。
晚上比白天相对交感神经要兴奋，容易刺激呼吸道腺体分泌更多的分泌物，这些因素都会使夜间发生咳嗽的几率比较大，临床上比较常见的就是喘息性支气管炎、咳嗽变异性哮喘等。