新型冠状病毒感染的病原学检查就是做新型冠状病毒的核酸检测，主要是通过对病人的鼻咽拭子、痰或者是下呼吸道的肺泡灌洗液以及血液、粪便等标本进行采样，并通过基因学测序检测分析有无新型冠状病毒感染。
这种病原学检测可以短期完成，但是很多新型冠状病毒感染的患者容易出现假阴性，所以需要反复采集。出现假阴性与标本的采集和检测试剂有一定的关系，反复采集时，两次至少相隔24小时。如果高度怀疑而且核酸检测又是阴性时，也可以应用新型冠状病毒特异性抗体进行参考辅助诊断。