尿道炎常常是由于混合性病原微生物感染引起，常需要较长的疗程，一般至少在两个月左右才能彻底治愈。
常见的疗程为4-6周，最好在4-6周后停药2周，做病原微生物培养，1周后出结果。如果病原微生物培养阴性，患者的尿频、尿急、尿痛和尿道分泌物症状好转时才算明显治愈。尿道炎最常见的致病菌是革兰氏阴性双球菌，革兰氏阴性双球菌对很多抗生素会出现耐药现象，治疗比较困难，而且革兰氏阴性双球菌感染常合并衣原体感染，所以还需要考虑使用治疗衣原体的抗生素。尿道炎的治疗主要是抗菌药物抗感染治疗，针对不同类型的病原菌感染引起的尿道炎，需要使用不同类型的抗菌药物。为了提高治疗效果，应当先做药敏试验，再选择合适的药物，并且最好是联合两种抗菌药物。因此出现尿道炎，患者要积极到医院就诊，积极配合医生治疗并遵从医嘱。
尿道炎的患者平时一定要养成良好的个人卫生习惯，勤洗手，每天清洗内裤，排便或者排尿后正确顺序擦拭。注意多饮水，增加尿量，尽量不要憋尿。戒烟限酒，不要喝浓茶、咖啡、功能性饮料等，饮食尽量清淡，多吃新鲜的蔬菜、水果。