羊水穿刺的最佳时间在16-20周左右。羊水穿刺主要针对于高龄孕妇，对于16-18周的时候唐氏筛查以及做母体外周血胎儿DNA检测，即无创DNA的高风险孕妇，这一部分要做羊水穿刺的染色体核型分析，确认是否有胎儿染色体的异常。
羊水穿刺的最佳时间在16-20周，这个时候由于羊膜腔内的空间较大，羊水量相对较多，胎儿较小，在这个时间进行羊水穿刺并发症相对较少，羊穿的成功率比较高。羊水穿刺有一定风险，有可能会导致流产、出血以及感染等等并发症，要进行充分评估以后再进行羊水穿刺。
由于羊水量过多，孕妇出现压迫症状，也可能做羊水穿刺的羊水减量术，这个时间没有特殊的要求。