眼睛生理性的飞蚊症症状比较稳定，不影响视力，不需要特殊治疗，是由于年龄相关性、玻璃体液化等所引起的，但患者有部分对飞蚊症过度担忧，造成心理问题。
医生和家属应该对患者进行一定的心理治疗，病理性飞蚊症的出现，提示某些损伤视力的眼部疾病可能存在，如葡萄膜炎、玻璃体积血、视网膜脱离、视网膜裂孔等，需要积极的针对原发病进行治疗。
对生理性的飞蚊症，玻璃体混浊者，临床上医生可以使用氨碘肽滴眼剂以及口服卵磷脂络合碘等制剂，可以促进眼部微循环，促进渗出物的吸收，也可以使用眼睛的营养类药物，包括叶黄素、维生素等制剂。
而眼睛的相关性，比如葡萄膜炎、玻璃体出血、眼底视网膜裂孔等疾病导致的飞蚊症，要根据原发病积极进行治疗，如采用激光、药物，甚至手术进行治疗。