婴儿吃鱼肝油没有正确的时间，但是一般建议在喂奶后半个小时吃比较好。喂奶后半个小时吃鱼肝油吸收比较好，不建议空腹吃鱼肝油。空腹吃鱼肝油容易对宝宝的胃肠道造成刺激，容易使孩子出现恶心、反酸的情况。所以最好在固定的时间，喂奶后半个小时吃鱼肝油比较合适。
一般建议足月的新生儿，生后2周左右开始吃鱼肝油，如果是早产儿，生后1周左右开始吃鱼肝油。如果没有明显的缺乏维生素D，建议孩子吃鱼肝油吃到2岁就可以停止。如果明显缺乏维生素D，可以吃到2岁半到3岁。另外，吃鱼肝油的同时建议最好每天户外晒太阳半个小时，有助于维生素D的吸收，促进骨骼发育。
对于鱼肝油的存放应避光，为避免遇光变质，最好放置在棕色瓶中并置于暗处保存。家长需要注意鱼肝油与维生素D不可叠加服用，以免营养素的量可能超过需要的标准，出现隐患。