医源性气管及主支气管损伤的治疗，首先考虑外科手术。而手术要根据损伤的解剖情况，最好是经过气管镜核定受伤的部位和范围。
一、药物治疗
1、由于气管与外界相通，气管损伤易并发感染，且对于并发肺部感染的患者也需使用抗生素对症治疗，常用的药物为头孢类抗生素。
2、若患者病变未累及气管壁深处，且气道狭窄不严重，可局部注射醋酸泼尼松龙，以使瘢痕组织消退。
二、手术治疗
1、气管端-端吻合术：若颈段气管狭窄不严重，小于5cm，可行气管端-端吻合术。
2、气管狭窄切除术：若因气管切开造口引起的气管狭窄，影响到患者的通气，可切除气管的狭窄段，重建支气管。
三、其他治疗
1、胸腔引流和继续观察处理：近年由于大多数病例并不是立即有生命威胁，急诊治疗以保证通气为优先，可以安全和有效地采用胸腔引流和继续观察处理。
2、激光、电灼以及冷冻：这类方法可在一定程度上改善气管狭窄的程度。
3、记忆合金镍铬支架和放置T形气管插管：采用支架的方式来撑开气管狭窄段，能够帮助患者恢复自主呼吸，之后可使用较细的T管长时间放置，病情稳定之后再拔除T形管。