肛瘘如果不手术治疗，只能通过用药保守治疗控制肛瘘的症状。平时需要特别注意肛门局部清洁，外口处需要定时使用消毒的药水进行消毒，防止局部感染，还应注意清淡饮食，避免引发肛瘘出现急性感染症状。
即使肛瘘出现急性感染症状，也可以通过使用抗生素抗炎，以及局部挂线引流等促进炎症消退，但这些治疗方法仅仅控制肛瘘的症状而已，并不能治愈肛瘘。
肛瘘最终都需要通过手术治疗才能治愈，因为肛瘘在后期反复慢性炎症的刺激过程中有可能会出现恶变，特别是对于病史超过10年以上的肛瘘，所以在临床上建议肛瘘患者及时行手术治疗。