做胃镜和肠镜都比较痛苦，但相对做肠镜更加痛苦，做胃镜检查时胃镜通过咽喉部时，可刺激咽反射引起恶心、欲呕等症状。
另外，胃镜在胃内移动以及发热的过程中，可以刺激胃黏膜造成恶心、呕吐等不适症状，另外，胃镜在咽喉食管可有机械性的刺激。
而做肠镜，因为肠镜进入肠道的时候，需要经过乙状结肠、脾曲、肝曲等等，翻转的角度比较大，病人会有撑胀的感觉，这种胀痛难以忍受，比较痛苦，肠镜的深度和长度更长，所以病人检查的时间会比较长，总的来说做肠镜更加痛苦。