卵巢囊肿容易并发蒂扭转、囊肿破裂、感染和恶变，卵巢囊肿的蒂扭转为常见的妇科急腹症，约10%的卵巢囊肿可发生蒂扭转，好发于瘤蒂比较长、中等大小、活动度良好、纵行偏于一侧的肿瘤，比如成熟畸胎瘤，常在体位突然改变，或者妊娠期、产褥期子宫大小位置发生变化时发生蒂扭转。
卵巢的破裂约3%的发生率，有自发性的破裂或者外伤性的破裂。自发性的破裂常因囊肿发生恶变时，肿瘤快速浸润性的生长而穿破囊壁所导致。感染比较少见，更有少见的就是发生恶变。