手足口病如果无发热、皮疹消退，也没有其它严重器官的并发症出现即表明痊愈。如果无并发症，一般需要一周左右。但是手足口病由于在粪便中排毒时间较长，一般需要隔离两周，隔离后应将患儿所有的物品彻底消毒，一般用含氯消毒液浸泡及煮沸消毒，不宜蒸煮或浸泡的物品可在日光下暴晒，患儿的粪便也要经过消毒处理再倾倒。
手足口病一般都是预后良好，但是少数患者有重症，尤其是肠道病毒71型引起的重症比较多见，可以迅速累及神经系统，出现脑脊髓炎、脑膜炎等，可以发展为循环衰竭，甚至导致死亡。