食管黏膜异位是因为胃黏膜移植到食管部位导致的，不少人会存在有反流性食管炎疾病，这种疾病的出现与胃酸反流有直接关系。胃酸经常反流到食管内时，甚至还会导致一部分的胃部黏膜进入到食管部位，在食管中生长，一部分人出现食管黏膜异位是因为先天发育异常的因素导致的。
在胚胎发育的过程中，在罕见的情况下会出现食管部位的黏膜被复层鳞状上皮替换，食管黏膜异位一般情况下不会对患者造成明显的危害，一部分患者会出现胃酸分泌过多表现。对于没有症状的患者可以无需治疗。如果患者的病情程度比较严重，尤其是合并有幽门螺旋杆菌感染，甚至有癌变的可能性，可以通过手术的方法进行切除治疗。