扁桃体化脓叫急性化脓性扁桃体炎，往往是扁桃体被化脓性细菌感染而导致的急性炎症的反应，化脓会表现在扁桃体表面。由于化脓性细菌感染导致的脓性渗出，在表面结成一些点状或片状的脓性物，覆盖在扁桃体表面，扁桃体刮脓对炎症的缓解和治疗起不了太多作用。因为即使把脓刮掉以后，扁桃体炎症本身没有得到有效的控制，它很快又会再渗出新的脓性物，形成浓块或脓胎一样的东西，重新附着在上面，所以急性化脓性扁桃体炎最主要的治疗是抗感染治疗。
根据病情的严重程度一般酌情会使用口服的或者是静脉输用的一些抗生素，常用的有青霉素类、阿莫西林、头孢类，如头孢拉定、头孢地尼、头孢丙烯氧或者头孢克洛等。这两类药物要注意有可能会有过敏反应，如果过敏可以选用其他的，比如红霉素类，常用的阿奇霉素、阿克拉霉素或罗红霉素，此外还有喹诺酮类，比如左氧氟沙星、甲磺酸左氧氟沙星或者莫西沙星等等；喹诺酮类要注意18岁以下儿童不建议使用，因为它会影响骨骼的发育。除了抗生素的治疗之外，可以考虑配合一些清热解毒、消肿利咽的中成药，可以同时配合局部的雾化吸入，及含漱液的口含治疗，来缓解扁桃体化脓性炎症导致的症状。