胃镜和钡餐相比较，胃镜损害可能会稍大一些。胃镜、钡餐检查是临床较常用的检查项目，能了解人体消化道系统是否出现疾病。胃镜检查是属于创伤性检查，不管是无痛胃镜检查、普通胃镜检查，胃镜管通过口腔、鼻腔进入，容易导致患者出现恶心、胸闷，并且会造成咽喉、食道部位的损伤，所以胃镜检查对身体的损伤比钡餐要大一些。
钡餐检查是无创性检查，检查前听从医生的意见需要口服造影剂，在X光线下进行检查能了解胃肠道的功能，并且能够粗略评估胃肠道是否出现其他的病变，所以钡餐检查更容易被广大患者接受。比如一些高血压的患者做不了胃镜，检查时只能选择钡餐检查。