新生儿肝功能异常的原因有很多，如肝胆系统疾病、遗传因素、先天性代谢障碍、感染性疾病、血液循环障碍，甚至营养不足或营养不良都可以导致肝功能异常。因此，有些原因导致的肝功能异常是能够治好的，比如支气管肺炎、上呼吸道感染、巨细胞病毒感染、某些病理性黄疸等。
而有些原因导致的肝功能异常是无法根治的，但是能够得到比较好的临床控制，比如蚕豆病、乙肝病毒感染等。还有一些原因导致的新生儿肝功能异常，需要进行手术治疗，比如胆道闭锁，应当在三个月以内尽早进行手术，而手术方式主要包括葛西手术和肝移植术。
尤其是肝移植术，其是一种效果非常好的手术方式，五年生存率可以达到80%以上，也有很多长期生存的患儿，在临床上也是非常多见的。