睡着了不咳嗽，醒了就咳嗽，最常见的原因是呼吸系统感染性疾病，或者是过敏性疾病等等。呼吸系统感染性疾病常见的有病毒感染、细菌感染，还有支原体、衣原体等感染，而引起的急性气管支气管炎、肺部感染、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张并感染等等，这样的呼吸系统疾病。
如果是病毒感染所引起，可给予抗病毒治疗。如果是细菌感染所引起，可以给予抗生素抗感染治疗。如果是支原体、衣原体等非典型病原菌所引起，可给予大环内酯类抗生素，18岁以上可给予喹诺酮类的抗生素，进行抗感染治疗。如果是过敏性呼吸系统疾病所引起，一般可以给予抗过敏的药物，比如氯雷他定、富马酸酮替芬片、马来酸氯苯那敏等等。必要的时候可能会用到口喷激素，比如布地奈德等等。常见的过敏性呼吸系统疾病，有过敏性咳嗽、过敏性咽炎等等。