肛门萎缩需针对病因进行治疗，导致肛门萎缩常见的肛门区病变，如痔疮、肛瘘、肛门脓肿等。由于损伤肛门括约肌，导致肛门功能受损，严重者出现肛门萎缩症状，患者需针对原发病进行治疗。痔疮患者多以保守治疗为主，肛门区域使用痔疮膏或痔疮栓，口服痔疮药物，肛门温水坐浴、理疗、按摩，多可使肛门区症状减轻。
肛瘘患者需及时进行手术行瘘管切除，复杂肛瘘需联合瘘管挂线治疗。当出现肛门萎缩、狭窄时，建议行肛门扩肛，同时应用活血药物治疗，缓解排便困难症状，可口服润肠通便药物，如麻仁丸、乳果糖、通便灵等帮助排便，缓解便秘症状。