尖锐湿疣潜伏期可以选择抗病毒的药物进行治疗，可以静点更昔洛韦注射液，口服盐酸伐昔洛韦颗粒、泛昔洛韦片。因为尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒感染而起，所以治疗应该首先抗病毒治疗，可以肌肉注射干扰素或者局部封闭干扰素，外用干扰素凝胶。
此外，还可以用口服抗病毒和提高免疫力的药物，可以选择转移因子口服液、胸腺肽，或者局部外用干扰素凝胶，同时需要忌口，需要忌食辛辣、酒、刺激性食物，以及发物，像牛羊肉、海鲜等都不能吃。