喉咙连着耳朵深处痛有可能是嗓子的急性炎症，通过咽鼓管炎症逆行性的引起急性中耳炎导致，或者嗓子急性炎症同时并发大疱性鼓膜炎的症状，也有可能耳朵没有炎症，嗓子的炎症通过迷走神经反射而引起反射性耳痛。
嗓子的急性炎症，比如急性扁桃体炎、急性咽炎、急性喉炎、急性会厌炎等，炎症可以通过咽鼓管的咽口逆行性影响中耳，引起急性中耳炎，会引起耳蜗深处疼痛，或者同时有耳朵闷堵、耳鸣、听力下降等表现。病毒感染有可能导致大疱性鼓膜炎，也会出现嗓子痛、连着耳朵深处痛的症状。
还有一种情况耳朵没有炎症，通过迷走神经耳支和迷走神经的眼支，存在迷走神经反射性的耳痛。在嗓子急性炎症的时候会出现嗓子痛，同时神经反射引起耳朵深处痛的表现。