肩囊肿分为几类引起原因有所区别，常见的肩峰下滑囊囊肿或者是喙突下的滑囊囊肿，往往与肩关节内的无菌性炎症反应有关，多数是因为与劳损、退变导致了肩峰下滑囊炎或者是喙突下滑囊炎，核磁可以看到明显的滑囊内的积液，还有一种内囊肿发生在肩胛盂唇的外侧。常常是由于盂唇有损伤，导致关节腔内的积液液体经过损伤部位渗透到关节外形成的囊肿，常发生于肩关节上方盂唇和前方盂唇的位置，发生于上方盂唇的囊肿容易压迫肩胛上神经引起上肢乏力、外旋力量减弱，前方囊肿容易引起肩关节前方疼痛，被动外旋肩关节会诱发疼痛。另有一种囊肿发生在肩关节上方其实是肩锁关节的囊肿，这种囊肿与肩关节内的巨大肩袖撕裂相关。