月经干净三天后同房出血可能是妇科炎性疾病所导致，如阴道炎、宫颈炎时炎性分泌物长期刺激黏膜，导致黏膜充血、水肿，在同房时会出现黏膜血管破裂、出血的现象。
也有可能是宫颈疾病所引起的出血，如宫颈息肉、宫颈癌前病变、宫颈癌，都会发生接触性出血，需要做宫颈癌筛查进一步排除。
另外，一些妇科疾病，如子宫内膜息肉、子宫黏膜下肌瘤、子宫腺肌病等，都会出现不规则的阴道流血，与是否同房没有关系，但是同房后会刺激子宫收缩，引起出血的现象。
所以如果有同房后出血，应该及时就诊医院，进行妇科检查和相关的辅助检查，查明病因。还有可能是一些生理现象，例如排卵期出血，在排除异常情况后才能确定。