曲霉菌感染一般用两性霉素B进行治疗，曲霉菌感染分为侵袭性肺曲霉菌、变异性支气管肺曲霉菌病，还有肺曲霉球等等。如果是侵袭性肺曲霉菌病，治疗疗程非常长，可以用两性霉素B治疗侵袭性肺曲霉菌病，当然根据患者的症状、舌脉，可以同时配合中医中药辨证治疗。
患者如果出现咳嗽、咯黄黏痰、咯血、舌红苔黄腻等症状，可以用清肺化痰的药物，比方黄芩、瓜蒌、黄连等药物。但是患者可能会出现肺脾功能的减退，比方出现肺气虚、脾气虚等症状，如果是伴有怕冷、大便偏软，还可以加生黄芪、白术等具有益肺补脾作用的中药。
如果是变异性支气管肺曲霉菌病，会伴有喘息、气短，双肺可以听到干啰音，除了用抗真菌的药物以外，还要用激素类的药物进行抗炎治疗。如果是肺曲霉菌球，可以采取手术切除时需采取手术切除的方式进行治疗。