甲状腺囊肿和甲状腺结节不存在哪个更严重的问题，甲状腺囊肿和甲状腺结节大多数是良性的，通常不会对患者身体健康造成影响，如果没有甲状腺功能异常，不需要进行治疗。
但是如果囊肿或者结节比较大，有可能对患者造成压迫现象，使患者出现声音沙哑、吞咽困难、呼吸困难等一些症状，这种情况需要进行手术治疗。
如果甲状腺囊肿或者甲状腺结节出现恶变，有可能危及患者的生命，所以两者之间无法具体比较。
综上所述，如果没有甲状腺功能异常或者恶变，两者对身体几乎没有危害，但是如果出现甲状腺功能异常或者恶变，则两者都是比较严重的疾病。