羊膜腔穿刺具有一定的风险性，这项技术用于产前诊断，在临床上已经开展了30多年，穿刺的难度因人而异，风险也因人而异，与胎盘的位置、胎儿的体位以及穿刺部位的羊水量有相应的关系。
另外，在穿刺以后可能有极少数的孕妇会出现轻微的子宫收缩，或者是出现阴道流血的现象，这种情况就要休息，并且进行安胎治疗，就能得到相应的缓解。
患者还有可能发生炎症性反应或者是胎膜早破，出现流产的症状，所以羊膜腔穿刺术的风险比较大，要严格的掌握适应症，并且严格的掌握操作技术，通常是在怀孕16-22周检查。