全麻胃镜的副作用并不是很大，全麻胃镜是在胃镜检查之前对患者进行静脉注射麻醉药物，让患者在无意识的状态下做完整个检查。由于医药科技的发展，现在对患者进行全麻造成的副作用已经相对比较少，检查之后过一段时间药物代谢之后人体就会自然苏醒。部分人在进行全麻之后会出现轻度的恶心、头晕等症状，但是这些副作用在3-4个小时之后就会消失，不会造成永久的副作用。也有部分患者会出现短暂的缺氧、过敏反应，但是这些反应不会持续时间太长，通过全麻胃镜检查可以减轻胃镜检查的过程中引起的痛苦，并且能够让医师有充足的时间对胃部情况进行了解。但是部分患者体质比较差，同时伴随心肺功能障碍，在选择全麻胃镜时应当谨慎。