阴茎里面疼痛可能为阴茎海绵体的病变，也可能为尿道的病变所致，建议到医院进一步检查明确具体的原因。
第一、如果存在急性的尿道炎可以出现尿道内疼痛，疼痛可放射至阴茎部而出现阴茎疼痛，一般都伴有尿频、尿急、排尿疼痛的症状，进行尿常规检查可以鉴别。
第二、尿道内的肿瘤、息肉可以造成尿道海绵体疼痛，疼痛可放射至阴茎而出现相应部位的疼痛，同时可伴有排尿困难、排尿分叉或者伴有尿道口滴血等症状，需要进行尿道镜检查进一步的确诊。
第三、如果患有海绵体硬结症可以出现阴茎内部疼痛，用手触摸时可以触摸到阴茎海绵体内存在质地较硬的结节，伴有明显的触痛感、勃起后疼痛感，它常常与海绵体的外伤或者海绵体的感染等因素有关，需要进行阴茎海绵体的B超检查进一步确诊。