利用灌肠麻醉可能有以下两种副作用：
1、可能会导致肠麻痹而出现便秘甚至是肠梗阻的情况，通常都是因为灌肠麻醉的药物的量比较大，很容易流动到肠管的深处，导致大部分的肠管出现局部麻痹的症状，从而影响肠蠕动，就可能出现便秘，甚至有麻痹性肠梗阻的并发症。
2、可能损伤了肠道的黏膜，容易导致黏膜感染，这种情况通常是由于灌肠的时候损伤了黏膜而导致。如果要避免，在注射器或者是管道的附近给予石蜡油来润滑，然后才能够进入肛门，而且操作的时候动作要轻柔，这样就能够尽量防止肠道黏膜的损伤。