房间隔缺损有一定的遗传倾向，也就是如果父母患有房间隔缺损时，子女患有房间隔缺损的可能性要比正常人高一些，但房间隔缺损除了遗传外，主要还有其他方面的原因，比如有些患者是由于在胚胎时期受到细菌、病毒，或者其他病原微生物的影响，或者是受到外界放射线的照射，外界环境污染，比如空气污染等，或者也有可能受到母体不良生活方式的影响，比如长期吸烟、饮酒、喝浓茶、喝浓咖啡、熬夜，以及睡眠、饮食各方面的不规律等，这些都可能导致患者出现房间隔缺损，所以房间隔缺损的患者，并不一定都是由遗传所导致。
如果患者患有房间隔缺损，也不用特别担心，子女未必一定会出现房间隔缺损，但确实存在有这样一种遗传性倾向升高的可能。建议患有房间隔缺损的患者，在学龄前，也就是5-6岁时，能够将房间隔缺损封堵。通过手术治疗，大部分的房间隔缺损患者都可以得到非常完美、妥善的解决，几乎和正常人没有任何区别。