甲巯咪唑和丙基硫氧嘧啶是最常用治疗甲亢的两种药物，共同作用在甲状腺，让高速运转的甲状腺工厂生产的甲状腺激素少一些，但是对已经合成或生产出来的甲状腺激素，并没有直接的作用，因此甲亢的治疗需要用药以后有一个时间才能够真正得到缓解，甲亢的药物虽然只有两种，但是治疗效果还是非常安全有效的。
另外，医生到底是选择药物治疗还是手术治疗、核医学治疗，需要跟患者进行沟通，医生选药物的时候需考虑到是否有禁忌，比如是否有药物过敏，当然是严重的过敏，还有是否有肝功能的严重损伤或者有白血球的严重降低，有这些情况不能使用药物来治疗甲亢。同时患者是否能经常的来复查，因为药物吃进去以后不能盲目的吃，不能根据自己的感觉，一定要定期复查才能够保证疗效和安全，病人自己的选择和家人的理解也非常的重要，因此和医生患者沟通来选择合适的抗甲状腺药物治疗，医生根据病情和化验，确定具体是哪种以后要调整剂量，甲亢的治疗如果是药物治疗，需要的时间比较长，一般是1.5-2年的时间，自己不能够觉得症状已经好转了，工作、生活完全不受影响就擅自停药，一定是在医生的指导下来规范的使用药物。
另外，要知道在复查的时候，除了化验血了解甲状腺功能的情况，也要了解是否出现了药物的副作用，同时到了1.5-2年的时候能不能停药，也要看整体的控制情况，是不是指标都正常了，症状没有了，甲状腺也不太大了，眼睛不鼓了，也要听医生的建议，需要避免某些因素防止复发，同时由于甲巯咪唑半衰期时间长，在维持用药的时候一天一次就可以了。怀孕的时候，早期更愿意用丙基硫氧嘧啶治疗甲亢，因为通过胎盘比较少，可以减少致畸。