脑干堵塞是很危险的，一定要及时的来就诊，如果是在溶栓的时间窗内，没有溶栓的禁忌症，要考虑溶栓来治疗，这样效果是最好的。
如果溶栓的效果好，可以使阻塞在血管内的血栓溶解，可以减少脑神经功能受损的症状，那常用的就像rtPA，还有尿激酶、链激酶一般都是在发病的4.5-6小时以内来应用。
如果错过了溶栓的时间窗，比如患者是房颤疾病，要考虑是房颤栓塞引起的，要给予抗凝的药物来治疗，可以使用阿加曲班。如果没有房颤的病史，也可以选择像降纤、抗血小板，还有就是脑保护来进行治疗。
脑干急性期的时候一定要预防患者出现消化道的溃疡，还有预防脑水肿的加重，那一定要多观察病情，大便要保持通畅。