右归丸上市后的不良反应报告显示，常规使用患者大都耐受性良好，不良反应较少。偶见患者出现恶心、呕吐等胃肠道反应，一般症状较轻微，不影响用药。出现胃肠道反应的患者可以饭后服用，可以减轻药物不良反应的发生频率和程度。极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用，过量或者长期服用会增加不良反应的发生率。
此药的药性温热，久服容易出现上火的症状。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用。如正在使用其他药品，为防止发生药物相互作用影响治疗，请就诊前告知医生。为保证用药效果，服药期间忌烟、酒，以及辛辣、刺激食物。