喝咖啡导致骨质疏松的原因主要是咖啡中的咖啡因影响骨骼代谢，会使骨骼中的成骨细胞成骨作用减低，破骨细胞的破骨作用活跃。破骨细胞破坏的骨骼增加，而成骨细胞产生的骨骼减少，就会导致骨骼的负平衡，也就是导致骨骼中的钙质慢慢流失。
如果每天喝咖啡，或者每天喝少量咖啡，但是持续的时间比较长，就会导致骨量减少、骨质稀疏、骨质疏松的发生。同时咖啡会导致睡眠减少，也会影响到钙吸收，从而导致骨质疏松的发生。