桥本甲状腺炎不像有些疾病，比如糖尿病会合并各种并发症，桥本氏甲减没有并发症。桥本甲状腺炎是自身免疫性甲状腺炎的一种，是自己的免疫系统对甲状腺造成的损伤，产生的甲状腺功能减退。桥本氏甲减的治疗需要用甲状腺激素来补充，长期的维持甲状腺激素水平正常，患者寿命、生活质量和正常人一样，不会出现各种并发症。
如果没有得到及时的诊断和治疗，甲减可能会带来血脂的异常，比如出现高脂血症，高脂血症很容易引起动脉粥样硬化，出现心脑血管疾病的风险会增加。桥本甲状腺炎是自身免疫性甲状腺炎的一种，可以合并其他的自身免疫性疾病，比如白癜风、恶性贫血、阿狄森氏病以及类风湿性的关节炎，甚至可能叫桥本氏脑病。现在有大量的证据证明桥本氏脑病，也是自身免疫性的疾病，并不是由于甲状腺疾病所引起的，桥本甲状腺炎不存在并发症。