肛瘘在确诊以后需要进行积极的对症治疗，一般包括手术根治性的治疗或者保守治疗。保守治疗的目的，主要是为了延缓肛瘘病情发作的程度，减少肛门局部外口或者内口的炎症刺激。
肛瘘的保守治疗主要是以局部的抗炎治疗为主，尤其是肛瘘急性发作期间，患者肛瘘的外口会出现间断性，或者持续性流脓的情况，患者可以选择碘伏消毒液，对局部外口进行消毒，并且在外口处涂抹适量的抗炎类软膏，例如红霉素类软膏。由于肛瘘的发作和内口的持续感染有关，所以在对局部外口消炎的同时，还需要选择具有消炎作用的痔疮栓塞入肛门内，对内口进行一并的抗炎对症治疗。
保守治疗肛瘘，可以有效地减轻肛瘘急性发作期的炎症症状，但是保守治疗并不能将肛瘘治愈，要想彻底治愈肛瘘，最有效以及唯一的办法是进行手术。通过手术将局部的瘘管壁进行剔除，并且将外口和内口进行一并的处理，从而达到根治性的效果。