小儿先天性疾病分为很多种，常见如下：
1、先天性的循环系统疾病：常见的有先天的室间隔缺损、房间隔缺损、法洛四联症、动脉导管未闭、主动脉缩窄、肺动脉狭窄等。
2、先天性的呼吸系统疾病：例如存在先天性的肺发育不良、先天性的支气管肺囊肿、肺隔离症，还有先天性气管软化、气管食管瘘等。
3、先天性的泌尿生殖系统疾病：例如单侧肾缺如、肾发育不良、异位肾、输尿管囊肿、先天性输尿管发育畸形等。
4、先天性的神经系统疾病，例如先天性脑积水、颅狭症、颅咽管瘤、颅内畸胎瘤。
5、先天性的消化系统疾病：比如先天性肥厚性幽门狭窄、巨结肠以及食管闭锁。
6、其他先天性疾病：还包括五官、四肢以及其他的先天疾病，比如先天性的唇腭裂、漏斗胸、鸡胸以及胯脱位。
上述这些都是临床上能够见到的先天性疾病。