滤泡囊肿大多数指的是卵巢的滤泡囊肿，卵巢在每个月经周期的不同时间段，卵巢进行超声检查的时候，所呈现的也是不一样。在月经刚刚干净的时候，卵巢内的卵泡就会出现募集，大约同时会有3-11个卵泡同时开始竞争性的发育。因此在这个时候进行超声检查，偶尔能看到几个小的卵泡。伴随着时间的延长，当接近到排卵期前后，就会有一个优势卵泡形成。
卵泡形成了之后，其他的卵泡将会发生逐步的闭锁，而优势卵泡会继续生长发育，在排卵期前将会有卵泡液大量的聚积，当成熟的卵子排出之后，这样的卵泡液也会随之排出。但是在卵泡这样生长发育的过程中，偶尔也会有一些闭锁卵泡没有完全破裂排卵。如果在这个时候进行超声检查，有可能就会发现卵巢的滤泡囊肿。但是卵巢的滤泡囊肿是一种生理性变化，大约在2-3个月后监测超声，大多数情况下都能够发现这样的囊肿已经自然的消失不见。