艾滋病在潜伏期时，由于机体的免疫状态接近于正常水平，所以一般不容易引起真菌感染，但进入艾滋病期后，就容易出现真菌感染。
进入艾滋病期后，由于机体的免疫功能缺陷，对各种致病病原体的防御能力下降，可能会引起细菌、真菌、支原体、病毒、寄生虫等感染性疾病，常见的真菌感染，如耶氏肺孢子菌感染，会导致肺孢子菌肺炎，这也是患者进入艾滋病期时最常见的机会性感染，其主要的临床表现，有发热、干咳、进行性呼吸困难，一般多发生于CD4+T淋巴细胞降低到200/mm^3以下时，主要通过呼吸道飞沫传播。还会出现白色假丝酵母菌感染，导致食管假丝酵母菌病、口腔假丝酵母菌病等，新型的隐球菌感染能引起隐球菌脑膜炎、肺隐球菌感染等，还会出现反复发作的口腔真菌感染、深部真菌感染，以及马尔尼菲篮状菌感染病。