鹅口疮断根有两个方面，具体如下：
一、鹅口疮是一种真菌感染，实际上是念珠菌感染引起的急性假膜型念珠菌病。治疗上要彻底，首先应该选用抗真菌的药物，最常用的是制霉菌素。如果制霉菌素不能控制，还应该选择更强一点氟康唑等药物。孩子不建议用副作用太大的抗真菌药物，主要是以局部治疗，就是用制霉菌素。不要看不见鹅口疮了马上就停药，一旦停了之后很快就会复发。
二、还要注意给孩子清洗口腔，建议用碳酸氢钠或者2%-2.5%小苏打水，给孩子清洗口腔，每次吃完饭都要清洗口腔，如果会漱口就用碳酸氢钠水漱口，维持口腔碱性环境，对预防鹅口疮的复发也很有帮助。
由于鹅口疮是一种真菌感染，所以其实很难断根，怎么预防再复发，最常见的病因就是使用抗生素和激素。如果长期使用抗生素和激素很容易有真菌感染，发生口腔的急性假膜型念珠菌病。在用药上一定要加小心，不要随便乱用抗生素，用药一定在医生的指导下。平时注意口腔卫生，定期用漱口水，包括小苏打水都非常有好处。